Urodziła się w żydowskiej rodzinie kupieckiej w Warszawie jako Maria Melania Klingsland. W 1899 roku wyszła za mąż za pisarza i działacza socjalistycznego Michała Mutermilcha. Z tego związku przyszedł na świat jej jedyny syn, Andrzej. Już pod koniec XIX stulecia uczęszczała do Prywatnej Szkoły Malarstwa i Rysunku Miłosza Kotarbińskiego. W 1901 cała rodzina wyjechała do Paryża, gdzie Muter otworzyła własną pracownię i kontynuowała naukę w Académie de la Grande Chaumiere i Académie Colarossi. Do wybuchu I wojny światowej artystka intensywnie malowała, brała udział w licznych wystawach i podróżowała, szczególnie chętnie do Bretanii, a także do Hiszpanii. Nawiązała także romans z Leopoldem Staffem. Wojnę spędziła właśnie na północy Francji. Po jej zakończeniu powróciła do Paryża. W późniejszym czasie towarzyszyła synowi chorującemu na gruźlicę kości podczas pobytów w sanatoriach, gdzie poznała Raymonda Lefebvre'a, z którym połączyło ją silne uczucie. Koniec drugiej dekady XX wieku to traumatyczne dla Muter wydarzenia – rozwód z mężem oraz śmierć kochanka.

Okres międzywojenny to czas największego rozwoju jej kariery. Muter stała się wówczas wziętą portrecistką tworzącą na zamówienia artystów, pisarzy, polityków i paryskiej arystokracji. Na początku lat 20. uległa na krótki moment wpływom kubizmu, po raz pierwszy wyjechała na Lazurowe Wybrzeże, przeszła na katolicyzm i przeżyła niespodziewaną śmierć syna. Malowała nie tylko portrety, ale także pejzaże i martwe natury. Stworzyła własny, oryginalny styl, operując charakterystyczną, impastową fakturą i właściwą sobie ekspresyjną stylistyką. Podczas II wojny światowej ukrywała się na południu Francji, początkowo w Villeneuve-les-Avignon, a następnie już w samym Awinionie. Z tego czasu pochodzą liczne krajobrazy i symboliczne sceny religijne rozgrywające się na tle doliny Rodanu. Po powrocie do Paryża Muter stopniowo zaczęła popadać w zapomnienie. Jej spuścizna została na nowo odkryta w latach 60. przez Linę i Bolesława Nawrockich, a spopularyzowana przez głośne wystawy w kolońskiej Galerie Gmurzyńska, a także dzięki prezentacji w warszawskim Muzeum Narodowym w 1994 roku.