W latach 1892-94 studiował w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych m.in. pod kierunkiem Florian Cynka, Izydora Jabłońskiego i Władysława Łuszczkiewicza. Następnie kontynuował naukę w Szkole Rysunku i Malarstwa Stanisława Grocholskiego w Monachium, gdzie mieszkał do 1901. W tym samym roku ożenił się Jadwigą Younga de Lenie. Po powrocie do kraju osiadł na stałe w Krakowie, który stał się jednym z wiodących tematów w jego pejzażach. Regularnie wyjeżdżał na południe Europy, szczególnie do Italii. Efektem tych podróży są liczne krajobrazy śródziemnomorskie, jak chociażby te z Capri, a także weduty z włoskich miast, Wenecji czy Werony. Po I wojnie światowej i odzyskaniu przez Polskę dostępu do morza, jednym z jego ulubionych plenerów stało się wybrzeże Bałtyku, a wraz nim widoki nadmorskich plaż, wydm oraz kadry z Helu, Gdyni czy Gdańska. Na polu malarstwa marynistycznego dużą uwagę zwracają nastrojowe nokturny artysty. Małachowski malował nie tylko przestrzenie związane z wodą. W jego oeuvre spotykane są także pejzaże tatrzańskie i sceny z życia polskiej wsi. Wypowiadał się w technice olejnej, ale to akwarele i gwasze zdominowały jego artystyczną działalność.