Brat Stanisława Czajkowskiego, także malarza. Studiował w akademii monachijskiej od 1891 roku u Johanna i Ludwiga Herterichów oraz Karla Marra. Późnej wyjechał na dalsze studia do Paryża, gdzie uczył się w Academie Julian u Jean-Paula Laurensa i Benjamin-Constanta, następnie u Jamesa Whistlera. Uczęszczał także do wiedeńskiej Kunstgewerbeschule, a w latach 1894 - 95 studiował malarstwo w krakowskiej Szkole Sztuk Pięknych, także architekturę na Politechnice i w pracowni Tadeusza Stryjeńskiego. Był jednym z członków założycieli towarzystwa Polska Sztuka Stosowana, z którym wystawiał od 1902 roku. Zajmował się projektowaniem witraży, kilimów, okładek książek. Od 1914 roku należał do stowarzyszenia Warsztaty Krakowskie. W 1913 roku zorganizował Wydział Architektury w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, gdzie objął katedrę architektury wnętrz. Później wykładał w Wilnie na Wydziale Sztuk Pięknych Uniwersytetu im. Stefana Batorego, a w 1922 roku był współorganizatorem Szkoły Sztuk Pięknych w Warszawie. Był jednym z organizatorów działu polskiego na Międzynarodowej Wystawie Sztuki Dekoracyjnej w Paryżu w 1925 roku. Malował pejzaże, portrety oraz sceny rodzajowe i wnętrza.